在《駭客任務：重裝上陣》一片，尼歐（基努李維飾演）延續他在《駭客任務》的旅程，繼續在「真實世界」中探險，結果卻搾乾了自己的能量，被卡在「母體」與「機器控制的世界」之間，留下一個令人驚嘆的結尾。崔妮蒂（凱莉安摩斯飾演）帶著昏過去的尼歐，不禁對他產生懷疑；而莫斐斯（勞倫斯費許朋飾演）必須面對他投注一生尋找的「救世主」，終究會帶領人類打敗機器的信念動搖。
《駭客任務完結篇：最後戰役》是《駭客任務》的完結篇，人類與機器的戰爭將面臨衝突的臨界點：像是由勇敢平民：姬與小子所組成的志願軍，誓死捍衛錫安，在最後的防線據點跟機器大軍展開生死搏鬥。他們不僅是為自己的生命、為人類最後的據點而戰，也是為了人類的將來而戰。
然而危機依舊潛伏著，被史密斯電腦幹員（雨果威明飾演）「附身」的戰鬥氣墊船成員，隨著時間一分一秒的過去，被史密斯逐漸強大的力量所控制，將在「真實世界」跟「母體」展開裡應外合的陰謀。「祭師」指點尼歐最後一次迷津，雖然尼歐知道「祭師」不過是另外一個電腦程式，所說的話可能也是「母體」企圖控制他陰謀的一部份，還是接受了。
靠著奈爾碧（潔妲蘋姬史密絲飾演）的幫助，尼歐跟崔妮蒂做了一個大膽的決定，前往沒有人類到達過的境界，這趟危機四伏旅程目的地是蓋在地表高處的「機器世界」。在這個超級龐大的機器都會，尼歐必須面對「機器世界」最強的力量「解圍人物」（ the Deus Ex Machina ）相逢，使出最後一擊，替垂死的世界帶來最後一絲希望。
這場戰役將在今晚做個了結，尼歐的命運與兩個世界的未來，都繫於他與史密斯幹員在滂沱大雨中的最後決戰。
當尼歐繼續他追求答案的步伐時，僅管「造物主」說明了所謂「祭師」的預言，不過是「母體」控制人類的另一種辦法，夢想破滅的莫斐斯依舊認為他的前任學生尼歐會找到終結戰役的方法。
對尼歐堅信不移，動作一樣矯捷的崔妮蒂，對於追隨他所選擇的道路有深深的同感。在《駭客任務：重裝上陣》結尾時重生的崔妮蒂，她再次把自己的命運交給尼歐，跟他一起去「機器城市」。
而另外一個錫安的反抗軍重要人物也選擇幫助尼歐，僅管奈爾碧不相信「祭師」的那套預言，但是當尼歐決定前往「機器城市」最後一搏的時候，她願意借出氣墊船載他一程。
同時，史密斯幹員的毀滅慾望，隨著他能力大增而變得無法控制。他的內心自我不斷地膨脹，在《駭客任務完結篇：最後戰役》，他從想要脫離『母體』的控制，轉而想要統治整個世界。
正因為史密斯幹員的力量不只威脅了真實世界，也威脅了「機器世界」，所以「祭師」決定幫助尼歐──這個代價非常的大。在電玩《Enter The Matrix》中曾解釋，「祭師」的外表（又稱為「殼」）被復仇心切的「資訊販子」梅若賓基恩給毀了，所以只好在《駭客任務完結篇：最後戰役》以新的面目出現。
