這是一部融合東方武術與西方電影特效的影片。導演賴瑞以及安迪華卓斯基說：「我們想表達的概念是，現代人所相信的世界以及其中的一切，其實都是未來電腦所創造的。一旦你進入所謂的電腦虛擬實境，就可以發揮人類在各方面的極限，所以片中的人物只要接收足夠的資料，就能成為跟成龍一樣的功夫高手。
本片描述二十二世紀一名電腦代號為尼歐的電腦駭客，他總是覺得世界一切都不對勁，但卻又說不出所以然來。
電腦駭客尼歐（Neo）表面上是個朝九晚五的電腦工程師，私下卻是個高超的駭客，一直過著平常的生活，直到他和神秘人物莫菲斯（Morpheus）、崔妮蒂（Trinity）等聯繫上，一切都變得不同了。莫菲斯等人把他帶到了真實的世界，令尼歐明白到他所認識的世界是電腦程式所創造的虛擬世界，為機械世界的母體（matrix）為培養人類為能量來源所創造——程式是模擬1999年所架構的人類世界（現實世界其實已踏入2199年），母體透過內建的各種程式，藉由和人體大腦神經聯結的連接器，使眼、耳、鼻、舌、身、意、...等訊號傳遞到人類大腦中時都彷彿是真實的，甚至在「死亡」時真身也會因為逼真的感受而死，創造這個趨近於真實的夢境世界目的在於欺騙被機器所囚禁的人類，令他們以為自己是真正的「活著」而能繁衍下去，而死後的人體則被拿來提取能源供應母體的電。
莫菲斯等人是較早被解放得以脫離母體的人類。他信奉在母體中可預知未來的祭師（Oracle），祭師曾指莫菲斯將在有生之年找到救世主，而前代救世主死前也曾經預言他會再次來到人間拯救所有被機器所囚的人類。莫菲斯於是拚命尋找救世主。當聯絡到尼歐後，他預感尼歐就是轉世的救世主（尼歐其實是第六代救世主）。但此時尼歐卻對自己「救世主」的身份有所懷疑。
來到真實世界後，尼歐藉由和莫菲斯的電腦程式訓練引導發現只要能堅定的相信在電腦程式中的一切都不是真的，進入到母體中即可將各種模擬真實世界的物理現象如萬有引力、摩擦力等都給扭曲、甚至破壞，在母體中可做出各種違背物理定律的事，例如：一拳把人打飛至十多米遠、跳躍至半空停留七、八秒才落地等。
尼歐經過一番訓練後，和莫菲斯等人再次透過連接器進入母體拜訪祭師，他們返回真實世界的途中，母體派出多個以史密斯（Agent Smith）為首的特工程式追殺。特工程式雖有人類的外表卻不是人類，而是極善於扭曲母體中的物理現象、專門用來追補目標的程式，並非解放後的人類所能匹敵的。而母體雖然是虛擬世界，但除非你已能純熟界定自己是處於虛擬之中而不被其所惑，否則在當中被殺的人類於真實世界中亦難逃一死。莫菲斯知道尼歐還不相信這一切是真實的，為了保護尼歐而落入了特工程式之手。
尼歐等人發現原來他們一行人中的塞佛（Cypher）出賣了他們的情報予特工程式，導致莫菲斯被捕。塞佛回到真實世界後，將仍在母體的隊友逐一殺死，但在準備殺死尼歐時，被另一隊友坦克（Tank）所殺。坦克之後成功喚回尼歐和崔妮蒂，但莫菲斯卻因無法換回而持續和母體連線中。
為了喚回莫菲斯，尼歐等人商議後，決定和崔妮蒂再次連線進入母體。經過激烈的搏鬥之後，他們終於成功救出莫菲斯。雖然莫菲斯和崔妮蒂成功回到真實世界，尼歐卻在母體中被特工程式擊斃呈現彌留狀態，此時真實世界中的崔妮蒂緊依著尼歐和他對話並深深的吻了他，感受到真實世界的深情之後尼歐彷彿頓悟一般地復活了！復活後的尼歐對自己「救世主」的身份已無絲毫懷疑，明白到自己可以重寫母體內程式的能力。他馬上入侵了其中一個特工程式——史密斯，令史密斯煙消雲散，消失得無影無蹤。其他的特工程式嚇得落荒而逃。
之後的故事在駭客任務2：重裝上陣中繼續發展。
