十三歲的魔女琪琪，在一個晴朗的滿月之夜，帶著黑貓吉吉至別的城市修行。魔女到了十三歲就必須自立，可是琪琪只稍微懂得騎掃帚的法術，讓父母頗為擔心。
琪琪興奮地飛著，途中邂逅一位即將修業完成的魔女前輩，談到了特長的事。忽然轟隆一響，琪琪竟然遇上暴風雨，眼前只見一列貨運火車，她二話不說就鑽進了去。溼淋淋的身體加上長途飛行的疲憊，不一會兒就睡著了。突然一陣急癢，琪琪從睡夢中驚醒，原來是底下的牛在舔腳，探出頭看看，已經到了她心目中嚮往的海邊。琪琪飛往海邊的大城市，海鷗在一旁飛翔。看到一座美麗的鐘塔，琪琪不知不覺愛上了這座城市。向鐘塔飛去，與看守鐘塔的老伯伯打了聲招呼，確認這座城市還沒有魔女，琪琪決定住下來了。
琪琪在街上愉快地飛著，卻意外地造成交通事故，被警察攔了下來。一位名叫蜻蜓的男孩幫助她溜開，但琪琪卻因無法忍受他那隨便的態度而飛走了。由於沒有身分證，琪琪不能住旅館，原本準備另覓一座城市，後來替麵包店的老闆娘歐索娜送奶嘴而受她的熱情招待。懷著身孕的歐索娜太太很喜歡琪琪，在得知琪琪沒有住處後，就讓她住了下來。琪琪在此開始她的新生活。由於沒什麼專長，她只好開一家快遞公司，其餘時間便在店裡幫忙。打掃房間過後，琪琪上到夫人家的鐘慢了 10 分鐘，琪琪趕緊上路，出門時天空已是烏雲密布，沒多久就下起雨來。琪琪冒雨送東西至舞會，孫女卻一副嫌惡貌，並氣沖沖地關上大門。蜻蜓在麵包店門口等著，因時間太晚終於走了。琪琪默默地回家，到房內倒頭就睡。
琪琪患了重感冒，在歐索娜妥善地照顧下康復了。吉吉也認識了新朋友白貓莉莉小姐。歐索娜拜託琪琪送東西給可坡里先生，卻遇到了蜻蜓，更沒想到他就是可坡里，他們成了好友。蜻蜓給琪琪看新完成人力飛機的主體，是一輛腳踏車加上螺旋槳。蜻蜓載琪琪至海邊看飛行船，路上差點出車禍，卻發現腳踏車飛起來了！結果螺旋槳解體，腳踏車也摔爛了。他們倆坐在海邊望著飛行船聊天，蜻蜓的朋友們開車來問他要不要參觀飛行船，琪琪卻因而吃醋走了。
琪琪提不起勁，孤單地過了一整天，突然發覺她聽不懂吉吉的話了。琪琪大驚之下，馬上抓起掃帚飛行，可是法術變得好弱喔......她努力要恢復，卻不小心把掃帚弄斷了。她十分沮喪，掛了蜻蜓打來的電話，重作新的掃帚。一天，畫家來到她家拜訪，看琪琪無精打采，提議到小木屋住一晚。到了小木屋，琪琪看到一幅天馬行空的畫，畫家請琪琪當畫中主角的模特兒。她們談到畫畫和法術的心路歷程，琪琪頗有感觸...
然而有一天，她的魔法卻突然消失，無法順利飛行，沮喪的琪琪要如何重拾信心，恢復魔法呢？
