貝姆、貝拉和貝羅的最後戰役，命運終究會走向那一個方向？
貝拉、貝姆和貝羅是由同一個細胞分裂而成的三個生物，他們是沒辦法成為人類的妖怪，而且長相極醜。出身自黑暗寂靜世界的他們，其內在的正義之心十分強烈，並且以「守謢人類」為己任，四處流浪。
這天，他們留在一個小鎮過夜，發現當地發生一連串神秘的命案；命案現場都出現巨大的爪痕，而死者都是知名製藥廠MPL製藥的員工。貝拉、貝姆和貝羅於是決定留下調查、找出兇手。另一方面，貝羅與鎮上一名少女小滿之間產生了單純的初戀情愫……。
小滿的父親上野達燕正巧是MPL製藥的員工，職務是新藥開發研究員；而她的母親自從發生車禍以後，就失蹤了。貝拉對發生在上野家的種種事件覺得很可疑，認為這一切的背後藏有不可告人的秘密。忽然，鎮上出現一名妖怪，到處亂走搞破壞，還跟小滿之間有所關聯的樣子。
貝姆、貝拉和貝羅能夠找出一連串問題的解答嗎？面對被破壞程度愈來越大的小鎮，他們可能有效地阻止嗎？在本片中，他們終於找到了可以變成人類的辦法，究竟他們會不會選擇成為人類呢？
